Niklashausen wurde erstmals 1178 urkundlich erwähnt. Die Siedlung entstand aus einem Fronhof, der den Wertheimer Grafen gehörte, und den diese an ritterliche Lehensträger – die Horande – vergaben. Auch bedingt durch die geringe landwirtschaftlich zu nutzende Fläche und wegen des vorhandenen Buntsandsteins war Niklashausen seit langer Zeit ein Steinhauerdorf.

1529 wurde in Niklashausen durch den Grafen Georg von Wertheim die Reformation eingeführt. 1806 gelangte das Dorf an das Großherzogtum Baden und unterstand dem Bezirksamt Wertheim, seit 1936 dem Landkreis Tauberbischofsheim.  Zwischen 1939 und 1960 war Niklashausen zu Höhefeld eingemeindet, dann wieder selbstständig. 1974 wurden Niklashausen und Gamburg zur Gemeinde Werbach eingemeindet, zu der bereits Wenkheim, Werbachhausen und Brunntal gehörten.

Heute ist Niklashausen ein aufstrebender Ort mit etwa 400 Einwohnern. Die Natursteinwerke Hofmann, ein Naturstein verarbeitender Betrieb, der weltweit tätig ist, ist größter Arbeitgeber im Dorf. Es gibt mehrere erfolgreiche Gewerbebetriebe, eine gute Gastronomie und ein äußerst reges Vereinsleben. Ein neues erst vor kurzem erschlossenes Baugebiet in schöner Lage wurde bereits gut angenommen. Im Kindergarten im alten Schulhaus werden die Kinder – auf Wunsch bereits ab einem Jahren – gut betreut.